Bahia

Alves membuat debut profesional untuk Esporte Clube Bahia ketika menentang Paraná Clube dalam saingan Campeonato Brasileiro Série A 2001. Bahia menang 3–0, bersama Alves yang membuat dua hantaran. Jurulatih Evaristo de Macedo memberikan peluang untuk beliau memilih pasukan untuk kerjayanya. Aksi beliau yang baik telah menarik perhatian dari sebelah Sepanyol, Sevilla FC pada 2002.[3]

Sevilla

Selepas musim 2002–03, Alves bermain dalam Kejohanan Remaja Dunia FIFA 2003, di mana beliau menjadi inspirasi pemain Brazil untuk memenangi kejohanan itu. Beliau dinamakan pemain ketiga terbaik dalam kejohanan itu. Selepas kejohanan itu, Sevilla ingin membeli beliau secara kekal kerana sebelum ini, beliau bermain dengan Sevilla secara pinjaman.

Pada Jun 2006, Sevilla bersetuju untuk menjual Alves ke Liverpool, tetapi Liverpool tidak selesa dengan harga yang ditawarkan oleh Sevilla sebanyak £8 juta.[4] Pada Disember 2006, beliau menandatangani kontrak baru bersama Sevilla, dan beliau kekal bersama Sevilla sehingga 2012.[5] Beliau membuat aksi yang terbaik pada musim 2006–07, dengan membuat 47 penampilan dan menjaringkan lima gol. Beliau bermain semua perlawanan untuk Sevilla dalam kejohanan Piala UEFA, termasuklah perlawanan akhir di mana Sevilla menang.

Beliau telah memiliki kewarganegaraan Sepanyol, dan beliau boleh untuk memiliki kuota bukan-EU(Kesatuan Eropah), jadi beliau memiliki permit kerja untuk bermain di mana-mana negara EU.[6]

Pada 1 Ogos 2007, Alves memberitahu SporTV bahawa beliau akan meninggalkan Sevilla untuk ke kelab gergasi Eropah.[7] Beliau juga berbesar hati kerana Chelsea ingin menggunakan khidmatnya dan beliau tidak akan melepaskan peluangnya.[8] Dalam satu temu ramah bersama Antena 3 pada 8 Ogos, Dani Alves bersetuju bahawa ejennya telah berada di England untuk berbincang dengan tawaran Chelsea.[9]

Pada 16 Ogos 2007, Sevilla menolak bidaan dari Chelsea dan 6 hari kemudian, Sevilla menolak lagi 2 bidaan dari Chelsea.[10][11] Alves kemudian meluahkan perasaan kecewanya kepada presiden Sevilla José María del Nido kerana peluangnya untuk ke Stamford Bridge kini hancur, apabila Chelsea telah menandatangani pemain bek Brazil, Juliano Belletti dengan harga yang jauh lebih kurang.[12]

Selepas "perang mulut" di antara Alves dan presiden Sevilla del Nido,[13] Alves mengatakan bahawa beliau akan terus tinggal di Sevilla selepas beliau berdamai dengan presiden itu.

Barcelona

Pada 2 Julai 2008, Alves sertai FC Barcelona.[14] Harga yang dilaporkan ialah sebanyak £23 juta, menjadikan beliau bahawa pemain pertahanan yang paling mahal[15] dan pemain ketiga paling mahal dibeli oleh Barca. Beliau menandatangani kontrak empat tahun bersama Barca, kontrak itu berharga €90 juta.

Alves membuat penampilan pertama untuk Barcelona ketika menentang kelab Poland, Wisła Kraków dalam pusingan ketiga kelayakan Liga Juara-Juara UEFA 2008-09 pada 13 Ogos 2008.[16] Beliau membuat debut La Liga bersama Barca ketika menentang CD Numancia pada 31 Ogos 2008.[17] Beliau terlepas perlawanan akhir Liga Juara-Juara Eropah 2009 selepas memiliki dua kad kuning, Barca membenam Manchester United, 2-0.

Dalam musim keduanya di Barça, Alves bersama pasukannya memenangai gelaran La Liga dan menjuarai Piala Dunia Kelab FIFA 2009. Pada musim 2010-11, Alves bersama Barcelona memenangi gelaran La Liga buat kali ketiga.

Pada 28 Mei 2011, Alves bermain buat pertama kali di perlawanan akhir Liga Juara-Juara Eropah menentang Manchester United, 3-1 di Stadium Wembley.

Pada musim 2011–12, Alves sebahagian daripada skuad Barcelona yang memenangi Copa del Rey dan Piala Dunia Kelab FIFA 2011. Dalam musim 2012–13, Alves bersama Barcelona memenangai gelaran La Liga buat kali keempat dalam musim keempatnya di Barça.

Pada musim 2013–14, Alves menyarung jersi nombor 22 yang pernah disarung oleh rakannya, Éric Abidal.[18]